Федеральный арбитражный суд Московского округа образован приказом Председателя ФАС МО от 15 сентября 1995 года № 3, изданным во исполнение Федерального конституционного закона от 28 апреля 1995 года № 1-ФКЗ «Об арбитражных судах в Российской Федерации» и пункта 5 постановления ВАС РФ «О введении в действие Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации».
В соответствии с указанным выше законом в Московский округ были включены два суда: Арбитражный суд города Москвы и Арбитражный суд Московской области.